Arrêt de travail : comment fonctionne l’indemnisation selon son origine ?

Un arrêt de travail ne se résume pas à un certificat médical : il suspend le contrat de travail, ouvre droit à une indemnisation selon des règles précises, et impose plusieurs démarches au salarié. Son régime d’indemnisation diffère surtout selon qu’il relève d’une maladie ordinaire, d’une affection de longue durée (ALD) ou d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle — trois logiques qu’il vaut mieux distinguer avant de s’inquiéter d’une durée d’arrêt qui se prolonge.

Cet article présente les règles applicables aux salariés du secteur privé relevant du régime général. Les agents publics, les travailleurs indépendants et certains régimes spéciaux relèvent de dispositions différentes. Une convention collective ou un accord d’entreprise peut par ailleurs prévoir une indemnisation plus favorable que les minima légaux présentés ici.

Qui peut prescrire un arrêt de travail ?

Un arrêt de travail est prescrit lorsqu’un état de santé rend temporairement impossible la poursuite de l’activité professionnelle. Le médecin apprécie cette incapacité en tenant compte de la pathologie, mais aussi des caractéristiques concrètes du travail exercé : un même état de santé peut justifier un arrêt pour un poste physiquement exigeant et rester compatible avec un autre.

Un point mérite d’être clarifié, tant la confusion est fréquente : le médecin du travail ne prescrit pas d’arrêt de travail. Comme le rappelait notre article Le médecin du travail, il intervient sur une autre question, celle de la compatibilité entre l’état de santé et le poste occupé. Il peut notamment proposer un aménagement du poste ou du temps de travail, et préparer une éventuelle reprise lors d’une visite de préreprise — nous y revenons plus loin.

Autre évolution récente à connaître : les arrêts prescrits en téléconsultation demeurent en principe limités à 3 jours, sauf notamment lorsqu’ils sont établis par le médecin traitant ou la sage-femme référente, ou lorsqu’une consultation en présentiel est impossible pour obtenir une prolongation. Cette règle, introduite pour limiter les prescriptions d’arrêts par des plateformes de téléconsultation sans lien de suivi avec le patient, ne remet pas en cause la valeur des arrêts prescrits par le médecin traitant à distance.

Quelles démarches le salarié doit-il accomplir ?

Le salarié doit informer son employeur et lui adresser le volet qui lui est destiné dans le délai fixé par les dispositions conventionnelles, généralement 48 heures. Ce document ne mentionne pas le diagnostic — seule la durée de l’arrêt y figure, ce qui protège la confidentialité de l’état de santé vis-à-vis de l’employeur.

Si l’arrêt n’a pas été télétransmis directement par le médecin, les volets destinés à la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) doivent être envoyés dans les deux jours. Un retard peut entraîner une réduction des indemnités journalières en cas de nouvel envoi tardif dans les 24 mois suivant un premier avertissement.

Un point de vigilance pratique, source fréquente de rejets évitables : tout arrêt établi sur papier doit l’être sur le formulaire sécurisé fourni par l’Assurance maladie. Les anciens formulaires, les scans et les photocopies sont rejetés — l’assuré doit transmettre l’original signé.

La durée de chaque prescription est elle-même plafonnée :

• 31 jours pour un arrêt initial ;
• 62 jours pour chaque prolongation.

Repère professionnel Ces plafonds limitent la durée de chaque prescription, et non celle de l’arrêt dans son ensemble — une confusion fréquente, y compris chez certains prescripteurs. Une affection grave ou chronique pourra toujours justifier plusieurs mois d’arrêt, mais sa poursuite devra être réévaluée périodiquement à l’occasion de chaque renouvellement. Lorsqu’un renouvellement doit dépasser 3 mois, le prescripteur peut solliciter l’avis du service du contrôle médical : il s’agit d’une possibilité offerte au médecin, non d’une autorisation préalable obligatoire pour tous les arrêts longs.

Trois régimes d’indemnisation à distinguer

L’origine de l’arrêt détermine le délai de carence, la durée maximale de versement des indemnités journalières (IJ) et leur montant. Il faut distinguer trois situations, dont les logiques ne se cumulent pas : l’arrêt pour maladie ordinaire, l’arrêt en rapport avec une ALD, et l’arrêt consécutif à un accident du travail ou à une maladie professionnelle (AT-MP).

L’arrêt de travail pour maladie ordinaire

Pendant l’arrêt, le contrat de travail est suspendu et le salaire n’est en principe plus dû. Deux indemnisations peuvent alors se combiner : les indemnités journalières (IJ) de l’Assurance maladie, et le complément que peut verser l’employeur.

Pour une maladie ou un accident non professionnel, les IJ sont versées à partir du 4ᵉ jour d’arrêt, après 3 jours de carence, sous réserve que l’assuré remplisse les conditions d’activité ou de cotisation exigées. L’IJ correspond à 50 % du salaire journalier de base, calculé à partir des trois derniers salaires bruts et dans la limite du plafond réglementaire — elle ne remplace donc jamais la totalité du salaire à elle seule.

Hors ALD, un assuré peut percevoir au maximum 360 indemnités journalières au cours d’une période de trois ans, pour un ou plusieurs arrêts confondus. Chaque journée indemnisée est décomptée de ce contingent, quelle que soit la pathologie à son origine.

Sous certaines conditions — notamment une ancienneté d’au moins un an, la prise en charge par la Sécurité sociale et la justification de l’absence dans les 48 heures — l’employeur doit compléter les IJ. Pour une maladie non professionnelle, ce complément légal commence au 8ᵉ jour d’absence, après 7 jours de carence. IJ comprises, il porte l’indemnisation à 90 % de la rémunération brute pendant 30 jours, puis aux deux tiers pendant les 30 jours suivants.

Ces durées augmentent avec l’ancienneté, dans la limite de 90 jours pour chacune des deux périodes. Les indemnités déjà perçues au cours des 12 mois précédents sont prises en compte dans ce calcul. De nombreuses conventions collectives suppriment la carence ou assurent un maintien plus élevé et plus long que ces minima légaux — il est toujours utile de vérifier sa convention avant de conclure hâtivement sur son niveau d’indemnisation.

L’arrêt de travail en rapport avec une ALD

La reconnaissance d’une affection de longue durée (ALD, une pathologie chronique ou sévère nécessitant un traitement prolongé et coûteux, reconnue par l’Assurance maladie) n’augmente pas le taux de l’indemnité journalière : celle-ci reste calculée à 50 % du salaire journalier de base, dans la même limite que pour une maladie ordinaire. L’ALD ne garantit donc pas, à elle seule, un maintien intégral du salaire — c’est l’une des confusions les plus fréquentes chez les salariés concernés.

La différence porte principalement sur la durée d’indemnisation. Lorsque l’arrêt est en rapport avec une affection relevant de la procédure ALD, les IJ peuvent être versées pendant 3 ans, de date à date, pour cette affection. La limite de 360 IJ sur trois ans applicable aux arrêts ordinaires ne s’applique donc pas de la même façon à ces arrêts.

Le délai de carence de 3 jours ne s’applique qu’au premier arrêt en rapport avec la même ALD au cours de cette période de 3 ans. Les arrêts suivants liés à cette affection sont indemnisés dès le premier jour. En revanche, un arrêt sans rapport avec l’ALD relève des règles ordinaires, carence comprise — une distinction qui suppose, en pratique, que le lien entre l’arrêt et l’affection reconnue soit clairement établi par le prescripteur.

Au-delà de 6 mois d’arrêt, la poursuite des IJ est soumise à des conditions médicales et administratives, notamment à l’accord du service médical de l’Assurance maladie. Une nouvelle période de 3 ans peut en principe être ouverte après une reprise du travail d’au moins 1 an.

Ce que ça change pour vous Deux notions sont souvent confondues, et il vaut mieux les distinguer avant tout arrêt lié à une ALD : la prise en charge à 100 % des soins liés à une ALD concerne les dépenses de santé (consultations, examens, traitements) sur la base des tarifs de l’Assurance maladie — elle ne signifie pas que votre salaire est indemnisé à 100 % pendant l’arrêt. L’ALD ne modifie pas non plus, à elle seule, les règles du complément légal de l’employeur : ce sont les dispositions conventionnelles et vos contrats de prévoyance éventuels qui peuvent prévoir des garanties plus favorables.

L’arrêt de travail pour accident du travail ou maladie professionnelle

L’arrêt reconnu au titre d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle relève d’un régime nettement plus favorable que les deux précédents.

Le jour de l’accident est payé intégralement par l’employeur. Les IJ sont ensuite versées par l’Assurance maladie dès le lendemain, sans délai de carence, pour chaque jour d’arrêt, pendant une durée maximale de 4 ans. Le montant brut de l’IJ est égal à 60 % du salaire journalier de référence pendant les 28 premiers jours d’arrêt, puis à 80 % à partir du 29ᵉ jour — ces indemnités restent plafonnées et ne peuvent pas dépasser le gain journalier net.

Ce régime s’applique également aux maladies professionnelles reconnues, dont l’histoire institutionnelle est ancienne, comme le racontait notre série sur l’histoire de la santé au travail en France. L’accident de trajet bénéficie des IJ au taux AT-MP, mais n’est pas assimilé à un accident du travail pour toutes les règles du complément employeur — une nuance qui a des conséquences concrètes et qu’il vaut mieux vérifier au cas par cas.

Le complément légal de l’employeur est versé dès le premier jour d’absence en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, sans la carence de 7 jours applicable en maladie ordinaire, si les conditions d’ouverture du droit sont remplies. La protection du contrat de travail est également renforcée pendant sa suspension. Une nouvelle période de 4 ans pourra s’ouvrir après une reprise d’activité d’au moins 1 an.

Quels contrôles peuvent être organisés ?

Le salarié doit respecter les prescriptions médicales, les heures de présence lorsqu’elles sont imposées, et s’abstenir de toute activité non autorisée pendant l’arrêt. L’Assurance maladie peut vérifier que l’arrêt demeure justifié et suspendre les IJ si le contrôle est impossible sans motif valable, ou si l’arrêt n’est plus médicalement justifié.

Lorsque l’employeur verse un complément, il peut demander une contre-visite médicale. Si le médecin mandaté juge l’arrêt injustifié, ou ne peut effectuer le contrôle du fait du salarié, l’employeur peut suspendre son complément. Ce médecin mandaté n’a toutefois pas à communiquer le diagnostic à l’entreprise : le secret médical reste opposable, y compris dans le cadre d’une contre-visite patronale.

Comment préparer la fin de l’arrêt ?

Un arrêt prolongé doit conduire à anticiper la reprise plutôt qu’à la subir. Après 30 jours d’absence, un rendez-vous de liaison (un échange, prévu à l’article R. 4624-33-1 du Code du travail, entre le salarié, l’employeur et éventuellement le service de santé au travail, qui n’est pas un examen médical) peut informer le salarié sur les dispositifs de prévention de la désinsertion professionnelle. Une visite de préreprise peut également être demandée, de son côté ou à l’initiative du médecin traitant, afin d’envisager un aménagement du poste, un temps partiel thérapeutique ou un reclassement.

La visite de reprise est, quant à elle, obligatoire dans certains cas définis par le Code du travail — notamment après un arrêt d’au moins 60 jours ou un arrêt lié à un accident du travail d’au moins 30 jours. Elle doit avoir lieu au plus tard dans les 8 jours suivant la reprise effective du travail, et c’est elle, non la visite de préreprise, qui se prononce formellement sur l’aptitude du salarié à reprendre son poste, sauf exception.

Ce qu’il faut retenir

L’origine de l’arrêt détermine largement son indemnisation, bien plus que sa durée ou la gravité ressentie de l’état de santé qui le motive. Trois logiques coexistent, sans se cumuler : la maladie ordinaire, l’ALD, et l’accident du travail ou la maladie professionnelle — chacune avec son propre délai de carence, sa propre durée maximale de versement et son propre taux d’indemnité.

Retenir la logique d’ensemble permet d’éviter les deux erreurs les plus fréquentes : croire qu’une ALD garantit un maintien intégral du salaire, et croire qu’un arrêt long est nécessairement irrégulier ou menacé d’interruption dès lors qu’il dépasse les plafonds de durée qui s’appliquent en réalité à chaque prescription, non à l’arrêt dans son ensemble.

• Hors ALD : les IJ maladie sont soumises à 3 jours de carence et à la limite de 360 jours sur trois ans, tous arrêts confondus.
• Pour une ALD : les IJ peuvent être versées pendant 3 ans pour la même affection, et la carence ne concerne que le tout premier arrêt de cette période.
• En AT-MP : les IJ sont versées sans aucune carence, à 60 % puis 80 % du salaire journalier de référence, pendant une durée maximale de 4 ans.

Sources

• Code de la sécurité sociale, articles L. 321-1 et suivants (indemnités journalières maladie) et L. 433-1 et suivants (indemnités journalières AT-MP).
• Code de la sécurité sociale, article L. 324-1 (affections de longue durée).
• Code du travail, article L. 1226-1 (maintien de salaire par l’employeur) et article R. 4624-33-1 (rendez-vous de liaison — Légifrance).
• Code du travail, articles R. 4624-29 (visite de préreprise) et R. 4624-31 (visite de reprise).
• Ameli.fr, fiches pratiques sur les arrêts de travail prescrits en téléconsultation.

Pour aller plus loin

Philippe Casanova est médecin du travail et médecin légiste. Il tient le blog Santé & Travail, consacré aux croisements entre médecine, droit, prévention et sciences humaines du travail.