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L’évolution de l’épidémie entraîne un changement de définition des cas et une modification de la conduite à tenir pour la prise en charge des personnes. Les médecins du travail hospitaliers et les médecins militaires partagent, avec l’Agence régionale de santé et la caisse de sécurité sociale, le suivi épidémiologique des cas.

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Les définitions distinguent les personnes-contacts à risque qui partagent le domicile du cas des autres. L’évaluation des personnes-contacts à risque d’un professionnel de santé hospitalier survenus dans un contexte de soins, pour lequel une évaluation spécifique doit être réalisée par le médecin du travail et l’équipe opérationnelle d’hygiène. Le cas des personnes vulnérables doit aussi être pris en compte.

1. Définitions

1.1. Cas possible

Toute personne, quel que soit son statut vaccinal, ayant ou non été en contact à risque avec un cas confirmé dans les 14 jours précédant l’apparition des symptômes, présentant des signes cliniques évocateurs de COVID-19 : infection respiratoire aiguë avec une fièvre ou une sensation de fièvre, ou toute autre manifestation clinique suivante, de survenue brutale :

• En population générale : asthénie inexpliquée ; myalgies inexpliquées ; céphalées en dehors d’une pathologie migraineuse connue ; anosmie ou hyposmie sans rhinite associée ; agueusie ou dysgueusie ;
• Chez les personnes âgées de 80 ans ou plus : altération de l’état général ; chutes répétées ; apparition ou aggravation de troubles cognitifs ; syndrome confusionnel ; diarrhée ; décompensation d’une pathologie antérieure.
• Chez les enfants : tous les signes en population générale ; altération de l’état général ; diarrhée ; fièvre isolée chez l’enfant de moins de 3 mois.
• Chez les patients en situation d’urgence ou de réanimation : troubles du rythme cardiaque récents ; atteintes myocardiques aigües ; évènement thromboembolique grave.

1.2. Cas probable

Toute personne présentant des signes cliniques et des signes visibles en tomo-densitométrie thoracique évocateurs de covid-19.

1.3. Cas confirmé

Toute personne, symptomatique ou non, avec un résultat biologique confirmant l’infection par le SARS-CoV-2, par amplification moléculaire (RT-PCR, RT-LAMP), test antigénique (TAG) naso-pharyngé ou sérologie (dans le cadre d’un diagnostic de rattrapage).

En cas de résultat positif par un TAG, une RT-PCR de diagnostic doit être réalisée dans les 24h suivant le TAG (RT-PCR de diagnostic simple ou RT-PCR de diagnostic simple couplée à une RT-PCR de criblage). Si le résultat de diagnostic obtenu par cette RT-PCR et celui du TAG sont discordants, c’est celui de la RT-PCR qui doit être retenu.
Agence nationale de santé publique

Un TAG nasal (« auto-test ») positif ne doit pas être considéré comme une confirmation du diagnostic, et doit être suivi dans les 24h d’un test RT-PCR pour confirmer ou infirmer l’infection.

1.4. Personne-contact

En l’absence de mesures de protection efficaces pendant toute la durée du contact :

1.4.1. Personne contact à risque élevé

• Toute personne n’ayant pas reçu un schéma complet de primo-vaccination OU ayant reçu un schéma complet de primo-vaccination depuis moins de 7 jours (vaccins Cominarty® de Pfizer, COVID-19 Vaccine Moderna®, Vaxzeria® d’Astra Zeneca et Covishied® d’Astra Zeneca) ou moins de 4 semaines (vaccin Covid-19 vaccin Janssen®) OU atteinte d’une immunodépression grave, c’est-à-dire présentant une affection le rendant éligible à une 3e dose de primo-vaccination, même si celle-ci a déjà été administrée ET
  • Ayant eu un contact direct avec un cas confirmé ou probable, en face-à-face, à moins de 2 mètres, quelle que soit la durée (ex. conversation, repas, contact physique). En revanche, des personnes croisées dans l’espace public de manière fugace, même en l’absence de port de masque, sont considérées comme des personnes-contacts à risque négligeable, ou ;
  • Ayant prodigué ou reçu des actes d’hygiène ou de soins à un cas confirmé ou probable, ou ;
  • Ayant partagé un espace intérieur (bureau ou salle de réunion, véhicule personnel, table de restaurant, …) pendant au moins 15 minutes consécutives ou cumulées sur 24h avec un cas confirmé ou probable ou étant resté en face-à-face avec un cas confirmé ou probable durant plusieurs épisodes de toux ou d’éternuement.

1.4.2. Personne contact à risque modéré

• Toute personne sans immunodépression grave ayant reçu un schéma complet de primo-vaccination depuis au moins 7 jours (vaccins Cominarty® de Pfizer, COVID-19 Vaccine Moderna®, Vaxzeria® d’Astra Zeneca et Covishied® d’Astra Zeneca) ou au moins 4 semaines (vaccin Covid-19 vaccin Janssen®) ET
  • Ayant eu un contact direct avec un cas confirmé ou probable, en face-à-face, à moins de 2 mètres, quelle que soit la durée (ex. conversation, repas, contact physique). En revanche, des personnes croisées dans l’espace public de manière fugace, même en l’absence de port de masque, sont considérées comme des personnes-contacts à risque négligeable, ou ;
  • Ayant prodigué ou reçu des actes d’hygiène ou de soins à un cas confirmé ou probable, ou ;
  • Ayant partagé un espace intérieur (bureau ou salle de réunion, véhicule personnel, table de restaurant, …) pendant au moins 15 minutes consécutives ou cumulées sur 24h avec un cas confirmé ou probable ou étant resté en face-à-face avec un cas durant plusieurs épisodes de toux ou d’éternuement.

1.4.3. Personne contact à risque négligeable

• Toute personne ayant un antécédent d’infection par le SARS-CoV-2 confirmé par amplification moléculaire (RT-PCR, RT-LAMP), TAG naso-pharyngé ou sérologie datant de moins de 2 mois ;
• Toutes les autres situations de contact.

1.5. Mesures de protection

1.5.1. Efficaces

• Séparation physique isolant la personne-contact du cas confirmé ou probable en créant deux espaces indépendants (vitre, Hygiaphone);

• Masque chirurgical, ou FFP2, ou en tissu « grand public filtration supérieure à 90% » (correspondant à la catégorie 1 (AFNOR)), porté par le cas confirmé ou probable OU la personne-contact.

1.5.2. Non-efficaces

• Masques en tissu grand public de catégorie 2 ;
• Masques en tissu « maison » ou de fabrication artisanale ne répondant pas aux normes AFNOR ;
• Visières et masques en plastique transparent portés seuls ;
• Plaque de plexiglas posée sur un comptoir, rideaux en plastique transparent séparant clients et commerçants.

2. Conduite à tenir

2.1. Cas possible

Tout cas possible d’infection par le SARS-CoV-2, quel que soit le statut vaccinal de cette personne ou ses antécédents d’infection par le SARS-CoV-2, et de façon plus générale, toute suspicion de covid-19, quelle que soit la présentation clinique, doit conduire à l’isolement de la personne malade dès les premiers symptômes, et à la réalisation d’un prélèvement des voies respiratoires hautes (prélèvement nasopharyngé, salivaire, ou oro-pharyngé) en vue d’un test diagnostique par amplification moléculaire (RTPCR, RT-LAMP), ou d’un prélèvement naso-pharyngé en vue d’un test antigénique (TAG).

Les TAG sur prélèvement nasal (« auto-test ») ne sont pas recommandés pour le diagnostic virologique des cas possibles. Ces tests, validés pour un usage en dépistage itératif, n’entrent pas dans le cadre de cette conduite à tenir.

2.1.1. Prise en charge du cas

Dans l’attente des résultats du test :

• La personne doit rester isolée ;

• Les modalités d’isolement doivent être définies et expliquées par le praticien ayant pris en charge la personne ou par le laboratoire ayant réalisé le test diagnostique ;
• Les mesures barrières destinées à prévenir une éventuelle transmission du virus à l’entourage doivent être strictement observées.

Si le résultat est positif :

• Si ce résultat provient d’un test RT-PCR ou RT-LAMP : la personne devient un cas confirmé ;
• Si le résultat provient d’un TAG sur prélèvement naso-pharyngé : la personne devient un cas confirmé et doit faire l’objet dans les 24h d’une RT-PCR de diagnostic (soit RT-PCR de diagnostic simple, soit RT-PCR de diagnostic simple couplée à une RT-PCR de criblage). L’isolement est maintenu dans l’attente des résultats. Si le résultat du diagnostic obtenu par RTPCR et celui du TAG sont discordants, c’est celui de la RT-PCR qui est retenu.
• Un TAG nasal (« auto-test ») positif ne doit pas être considéré comme une confirmation du diagnostic, et doit être suivi dans les 24h d’un test RT-PCR de diagnostic sur un prélèvement des voies respiratoires hautes pour confirmer ou infirmer l’infection (soit RT-PCR de diagnostic simple, soit RT-PCR de diagnostic simple couplée à une RT-PCR de criblage). L’isolement est maintenu dans l’attente des résultats.

Si le résultat est négatif :

• Le diagnostic d’infection par le SARS-CoV-2 est écarté, l’isolement est levé, il est important de continuer à observer les gestes barrières,
• En cas de forte suspicion clinique, la répétition de prélèvements des voies respiratoires hautes peut être justifiée.

Prise en charge des personnes-contacts à risque

2.1.2. prise en charge des personnes-contacts à risque

Sauf circonstances particulières, la recherche des personnes-contacts à risque (contact-tracing) n’est pas initiée au stade de cas possible ; elle n’est déclenchée que pour les cas probables et confirmés d’infection par le SARS-CoV-2.

2.2. Cas probable ou confirmé

La prise en charge des cas probables et de leurs personnes-contacts à risque est identique à celle des cas confirmés. Elle est indépendante de son statut vaccinal, en raison de la possibilité d’un échec vaccinal.

Un TAG nasal (« auto-test ») positif ne doit pas être considéré comme une confirmation du diagnostic, et doit être suivi dans les 24h d’un test RT-PCR de diagnostic sur un prélèvement des voies respiratoires hautes pour confirmer ou infirmer l’infection (soit RT-PCR de diagnostic simple, soit RT-PCR de diagnostic simple couplée à une RT-PCR de criblage). L’isolement est maintenu dans l’attente des résultats.

Tout test virologique (RT-PCR, RT-LAMP, ou TAG naso-pharyngé) positif doit systématiquement donner lieu à un test RT-PCR de criblage ciblant plusieurs mutations d’intérêt. Ce test RT-PCR de criblage peut être réalisé sur le même prélèvement si le test initial était une RT-PCR, mais nécessite la réalisation d’un nouveau prélèvement dans les 24h si le test initial était un TAG naso-pharyngé.

2.2.1. Prise en charge du cas

• Isolement
  • Si la personne est symptomatique : isolement pendant 10 jours à partir de la date de début des symptômes. En cas de fièvre persistante au bout de 10 jours, l’isolement est maintenu jusqu’à 48h après la disparition de la fièvre.
  • Si la personne est asymptomatique : isolement pendant 10 jours à partir de la date de prélèvement du test positif. Si la personne développe secondairement des symptômes, l’isolement est prolongé d’une durée de 10 jours à partir de la date de début des symptômes. En cas de fièvre persistante au bout de 10 jours, l’isolement est maintenu jusqu’à 48h après la disparition de la fièvre.
  • L’isolement est effectué à domicile. Si l’isolement à domicile n’est pas possible ou que la situation de la personne laisse présager un fort risque de propagation (domicile ou nombre d’habitants peu propices à un isolement réel), une solution d’hébergement peut être proposée via la Cellule territoriale d’appui à l’isolement (CTAI).
  • Pendant 7 jours suivant la fin de l’isolement, il est recommandé à la personne guérie de continuer à observer les gestes barrière et de porter le masque, y compris dans la sphère privée, d’éviter de fréquenter des personnes à risque de développer une forme grave de COVID-19, d’éviter de fréquenter les transports en commun, de respecter une réduction volontaire des interactions sociales, et de privilégier le télétravail.
• Contact-tracing
  • L’identification des personnes-contacts à risque (contact-tracing) doit être mise en œuvre pour tout cas probable, et dès la confirmation du diagnostic pour les cas confirmés.
  • Lors d’un premier entretien avec le cas confirmé :
    • Les personnes responsables du contact-tracing (médecin prenant en charge le patient pour le contact-tracing de niveau 1, agents de la plateforme de contact-tracing de la CNAM pour le contact-tracing de niveau 2, médiateurs de lutte anti-COVID (LAC)) identifient les personnes-contacts à risque élevé ou modéré ayant été en contact avec le cas dans les 48h précédant l’apparition des symptômes (pour les cas symptomatiques) ou dans les 7 jours précédant la date du prélèvement (pour les cas asymptomatiques) et jusqu’à son isolement. A ce stade, il n’est pas possible de distinguer les personnes-contacts à risque élevé de celles à risque modéré car le cas ne dispose pas forcément de l’information concernant le statut vaccinal de ces personnes.
    • Toutes les personnes-contact à risque désignées par le cas sont enregistrées dans Contact-Covid. La personne réalisant le traçage vérifie alors dans VAC-SI si les contacts désignés sont à risque modéré afin d’adapter les consignes pour ces derniers.
    • Si le cas a été diagnostiqué par un TAG naso-pharyngé positif, il lui est indiqué de faire dans les 24h une RT-PCR de diagnostic, et de rappeler l’assurance maladie en cas de tests discordants. Dans cette situation, l’isolement et les mesures concernant les personnes-contacts à risque pourront être levés.
    • Si les informations recueillies auprès du cas évoquent la possibilité de contaminations multiples ou un cluster déjà constitué, les agents de l’Assurance maladie en charge du contact-tracing doivent sans délai informer l’ARS (contact-tracing de niveau 3), afin de mettre en place des mesures de gestions adaptées, voire une investigation épidémiologique spécifique en lien avec la Cellule régionale de SpF.
  • Un second appel au cas est réalisé dans un délai de 48h après le premier, afin de :
    • Vérifier la complétude de la liste des personnes-contacts à risque élevé ou modéré ;
    • Proposer à nouveau la visite d’un infirmier libéral (IDEL) pour l’aide à l’isolement et la réalisation éventuelle de tests de dépistage des autres membres du foyer, si ceux-ci n’ont pas encore été testés ;
    • Pour des questions de faisabilité, ce second appel est réalisé si l’incidence est inférieure à 5000 cas/jour.

2.2.2. Prise en charge des personnes-contacts à risque

Les personnes-contact à risque élevé ou modéré sont contactées par les traceurs de l’Assurance Maladie. La prise en charge des personnes-contacts à risque est différente selon leur statut vaccinal et selon l’existence d’une immunodépression grave et selon qu’elles partagent ou non le domicile du cas.

• Personnes-contacts à risque élevé :
  Ces personnes-contacts à risque élevé doivent :
  • Réaliser immédiatement un test de dépistage (RT-PCR, RT-LAMP ou TAG nasopharyngé) ;
  • Respecter une quarantaine de 7 jours (septaine) après la date du dernier contact à risque avec le cas confirmé ;
  • Informer de leur statut les personnes avec qui elles ont été en contact à partir de 48h après leur dernière exposition à risque avec le cas confirmé et leur recommander de limiter leurs contacts sociaux et familiaux (contact-warning).
  • Réaliser une auto-surveillance de leur température et de l’éventuelle apparition de symptômes, avec test diagnostique (moléculaire ou TAG) immédiat en cas de symptômes, quel que soit l’âge.
  • Réaliser un second test de dépistage (RT-PCR, RT-LAMP ou TAG naso-pharyngé) 7 jours après la date du dernier contact à risque avec le cas.
  • La septaine peut être réalisée au domicile, si les conditions le permettent. Dans cette situation, la quarantaine des personnes-contacts vivant sous le même toit que le cas index prend fin 17 jours après la date de début des signes du cas (ou la date du prélèvement diagnostique pour les cas asymptomatiques). Si la quarantaine stricte à domicile n’est pas possible, une solution d’hébergement peut être proposée via la CTAI. Cette solution est à privilégier pour les personnes-contacts avec une immunodépression grave.

• Personnes-contacts à risque modéré :
  Les personnes-contacts à risque modéré sont dispensées de quarantaine (septaine) mais elles doivent respecter les autres mesures destinées à briser les chaînes de transmission, en raison du risque résiduel d’infection par le SARS-CoV-2, quel que soit le variant viral ayant infecté leur cas index :
  • Réaliser immédiatement un test de dépistage (RT-PCR, RT-LAMP ou TAG nasopharyngé) ;
  • Informer de leur statut les personnes avec qui elles ont-elles-mêmes été en contact à partir de 48h après leur dernière exposition à risque avec le cas confirmé et leur recommander de limiter leurs contacts sociaux et familiaux (contact-warning) ;
  • Mettre en œuvre strictement l’ensemble des autres mesures barrières jusqu’à J7 après le dernier contact avec le cas index, et notamment :
    • limiter les interactions sociales, en particulier dans les ERP où le port du masque n’est pas possible, et éviter tout contact avec des personnes à risque de forme grave même si elles sont vaccinées;
    • porter un masque de catégorie 1 dans l’espace public ;
    • pour les personnes-contacts partageant le même domicile que le cas (dites « domiciliaires »), porter un masque au domicile.
  • Réaliser une auto-surveillance de leur température et de l’éventuelle apparition de symptômes, avec test diagnostique (moléculaire ou TAG) immédiat en cas de symptômes, quel que soit l’âge ;
  • Réaliser un second test de dépistage (RT-PCR, RT-LAMP ou TAG naso-pharyngé) 7 jours après la date du dernier contact à risque avec le cas, soit pour les personnes-contacts vivant sous le même toit que le cas index, 17 jours après la date de début des signes du cas (ou la date de prélèvement diagnostique pour les cas asymptomatiques).
  • Pour les personnes-contacts à risque en septaine (domiciliaires ou extra-domiciliaires), si le test de fin de septaine n’est pas réalisé, la septaine est prolongée de 7 jours. Pour les enfants de moins de 6 ans, un test salivaire est fortement recommandé en fin de septaine.

2.3. Situations particulières

Certaines situations particulières suspectes d’infection par un variant d’intérêt avec risque de diffusion sur le territoire justifient la réalisation d’investigations virologiques supplémentaires par séquençage, afin de contribuer à l’orientation des actions de santé publique mises en œuvre.

Le séquençage ne doit cependant jamais retarder la mise en œuvre de l’isolement et la stratégie renforcée de contact-tracing, qui doivent être initiées dès la confirmation du cas, indépendamment de la suspicion de mutation d’intérêt.

Un séquençage de l’échantillon prélevé doit être réalisé dans les situations suivantes :

• Dans les situations de cluster à criticité élevée ou associés à des caractéristiques préoccupantes :
  • survenant en collectivités (crèches, écoles, établissement de santé, Ehpad, ESMS, établissements pénitentiaires, entreprise, etc.),
  • ou à risque élevé de propagation (populations précaires, groupes de personnes logeant dans des habitats partagés avec forte densité de population),
  • ou associés à des échecs vaccinaux, ou à une suspicion de mise en défaut des tests usuels de RT-PCR, à une gravité apparente atypique, ou à un taux d’attaque très élevé.
    Cette indication relève d’une décision de l’ARS. La sélection des prélèvements à transmettre pour séquençage peut faire l’objet d’un échange préalable entre l’ARS, Santé publique France (SpF) et ses cellules en région, et le laboratoire qui séquence pour en définir le nombre. L’envoi de 5 à 6 prélèvements est généralement indiqué. Un échantillonnage peut être décidé selon la taille du cluster.
• En cas de signal inhabituel dans une zone géographique donnée (augmentation forte et inexpliquée du taux d’incidence, évolution des données de criblage, toute autre situation qualifiée d’inhabituelle par les ARS/CR de SpF). Dans ces situations, l’indication de séquençage relève d’une décision de l’ARS ou de SpF. Un échantillonnage des prélèvements à transmettre pour séquençage peut faire l’objet d’un échange préalable avec SpF, voire une surreprésentation des échantillons issus de cette zone géographique au cours des Enquêtes Flash, qui doit être discutée au cas par cas.
• En cas de suspicion de réinfection.
  Les suspicions de réinfection font l’objet d’une conduite à tenir disponible sur le site de SpF. A l’heure actuelle, toute détection de SARS-CoV-2 par amplification moléculaire (RT-PCR, RTLAMP) ou test antigénique chez une personne (symptomatique ou non) ayant un antécédent de covid-19 confirmé datant d’au moins 2 mois peut correspondre à une réinfection et doit être considéré comme un nouveau cas de covid-19 dans sa prise en charge (isolement, contact
  tracing). Un séquençage est systématiquement indiqué pour pouvoir confirmer une réinfection.
• En cas de suspicion d’échec vaccinal (infection par le SARS-CoV-2 confirmée par RT-PCR ou test antigénique survenant au moins 14 jours suivant l’injection de la 2ème dose de vaccin, ou de la première dose pour les vaccins ne nécessitant qu’une injection). Un séquençage est systématiquement indiqué pour caractériser la souche responsable de l’infection post-vaccination. Pour la conduite à tenir concernant les échecs vaccinaux ou les clusters d’échecs vaccinaux, se référer au Guide d’investigation des échecs vaccinaux liés à la vaccination contre le covid-19.
• Dans les situations d’excrétions virales prolongées, en particulier chez les personnes immunodéprimées.
• Dans les situations d’échecs de traitement par anticorps monoclonaux.