Le médecin agréé dans la fonction publique : qui est-il, et pour quoi faire ?

Un agent public convoqué chez un « médecin agréé » se retrouve face à un praticien qu’il n’a pas choisi et dont le rôle reste flou. Ce médecin n’est ni son médecin traitant, ni son médecin du travail, et son périmètre a été sensiblement remanié ces derniers mois — à commencer par la question la plus fréquente : la visite d’embauche est-elle obligatoire ?

Un acteur du contrôle médical, pas du soin

Le médecin agréé est un médecin généraliste ou spécialiste, libéral ou hospitalier, que l’administration mandate ponctuellement pour rendre un avis médical sur la situation d’un agent public — sans jamais le soigner. Cette distinction entre expertise et soin structure tout le dispositif : qu’il examine un candidat, un agent en arrêt prolongé ou un fonctionnaire demandant la reconnaissance d’un accident de service, il rend un avis technique destiné à l’administration, jamais une prise en charge. L’agent ne le choisit pas : son employeur le désigne.

Un médecin ne se déclare pas agréé de sa propre initiative. Il figure sur une liste départementale établie par le préfet, sur proposition du directeur général de l’agence régionale de santé, après avis du conseil départemental de l’ordre des médecins, du médecin président du conseil médical départemental et des syndicats de médecins. Les praticiens y sont inscrits sur leur demande ou avec leur accord, parmi ceux exerçant dans le département : l’agrément suppose le volontariat, il n’est jamais imposé, et il est donné pour trois ans renouvelables.

Deux garanties méritent d’être connues. Le déport : un médecin agréé appelé à examiner un fonctionnaire ou un candidat dont il est le médecin traitant doit se retirer du dossier. Et une soupape prévue par le texte : lorsque l’intervention d’un médecin agréé est requise, l’administration peut s’en dispenser si l’agent produit, sur la même question, un certificat d’un médecin hospitalo-universitaire ou exerçant dans un établissement public de santé.

Le médecin agréé peut désormais recourir à la télémédecine pour les examens des agents en congé de maladie ordinaire, de longue maladie ou de longue durée.

Repère professionnel Liste départementale, durée de trois ans, dispense et déport figurent aux articles 1 à 4 du décret n° 86-442. Deux points de vigilance. La dispense est peu mobilisée alors qu’elle évite parfois un examen redondant : un agent suivi en CHU pour la pathologie en cause peut produire un certificat de son praticien hospitalier sur la question posée — mais s’en contenter reste une faculté de l’administration, non un droit de l’agent. Le déport, lui, n’est pas une règle de courtoisie : il relève de la même logique que les articles du code de déontologie interdisant au médecin d’accepter une mission d’expertise auprès d’un patient qu’il soigne. Un agent qui reconnaît son médecin traitant dans le praticien désigné a intérêt à le signaler avant l’examen : l’avis rendu en méconnaissance de cette règle est fragile.

La visite d’embauche : dans quels cas est-elle obligatoire ?

C’est le point le plus souvent mal compris, et il appelle une réponse nette : la visite auprès du médecin agréé n’est pas obligatoire pour la très grande majorité des recrutements.

La condition générale d’aptitude physique et mentale, qui imposait autrefois un certificat avant toute nomination, a été remplacée par un dispositif ciblé. Seules certaines fonctions, dont la liste est fixée par les statuts particuliers du corps ou du cadre d’emplois, exigent des conditions de santé particulières, en raison des risques spécifiques qu’elles comportent pour l’agent ou pour des tiers. Ces conditions s’apprécient compte tenu des possibilités de compensation du handicap — précision inscrite dans le texte, qui interdit de raisonner sur l’état de santé sans tenir compte des aménagements possibles. En dehors des fonctions ainsi listées, aucun examen par un médecin agréé n’est requis pour être recruté : l’administration garde la faculté d’en organiser un en cas de doute, mais c’est une possibilité, non une obligation.

L’exemple le plus net de visite obligatoire est celui des surveillants de l’administration pénitentiaire. Leur statut particulier prévoit qu’après les résultats d’admission au concours et avant l’entrée à l’école nationale d’administration pénitentiaire, l’administration fait procéder à un examen médical des lauréats destiné à vérifier qu’ils satisfont aux conditions de santé particulières — acuité visuelle minimale, aptitude à un service actif de jour comme de nuit, capacité à accomplir les gestes professionnels du métier — et le texte précise que cet examen est effectué par un médecin agréé. La même exigence vaut pour un fonctionnaire qui demande son détachement dans l’un de ces corps. On retrouve une obligation comparable pour les agents de la branche surveillance des douanes.

Les deux corps auxquels on pense spontanément, en revanche, échappent au dispositif : chez les sapeurs-pompiers professionnels, l’aptitude relève d’un médecin du service d’incendie et de secours titulaire d’un agrément spécifique ; dans la police nationale, du médecin statutaire du service médical de la police, qui peut solliciter l’avis d’un médecin agréé spécialiste mais ne s’efface pas devant lui.

Repère professionnel Les articles L. 321-1 et L. 321-3 du code général de la fonction publique renvoient aux statuts particuliers pour la liste des fonctions concernées ; les articles R. 321-1 à R. 321-3 confient l’appréciation de ces conditions à un médecin agréé, sous réserve des règles propres à certains corps. Cette réserve explique la répartition réelle : médecin agréé pour la plupart des corps concernés — administration pénitentiaire, branche surveillance des douanes —, service médical dédié pour la police nationale et les sapeurs-pompiers. En pratique, avant de convoquer un candidat chez un médecin agréé, vérifier le statut particulier : il dit à la fois si des conditions de santé sont exigées et qui est compétent pour les apprécier. Deux points souvent négligés : l’obligation vaut aussi pour un fonctionnaire demandant son détachement dans un corps concerné, et elle se situe généralement après l’admission au concours, non avant les épreuves.

Cette absence d’obligation générale ne dispense pas l’administration de toute visite à l’embauche, mais l’acteur change : c’est le médecin du travail. Selon le versant, cette visite est due dès le recrutement, avant la prise de fonction, ou seulement dans le cadre du suivi périodique. Elle relève d’une logique de prévention et n’a rien à voir avec l’examen du médecin agréé : elle ne conditionne pas la nomination, elle ouvre le suivi de santé au travail.

Ce que ça change pour vous Trois réflexes si vous êtes candidat. Ne présumez pas l’obligation : sauf si les fonctions visées figurent sur la liste fixée par le statut de votre corps ou cadre d’emplois, vous n’avez pas à passer devant un médecin agréé, et une convocation « par principe » n’a pas de fondement — vous pouvez demander sur quelle disposition l’employeur se fonde. Retenez ensuite que l’appréciation doit tenir compte des possibilités de compensation du handicap : une limitation compensable par un aménagement, un appareillage ou une autre organisation du poste ne peut pas, à elle seule, fonder une inaptitude — un argument à faire valoir, au besoin par écrit, avant que l’avis ne soit rendu. Enfin, ne confondez pas les deux visites : celle du médecin agréé, exceptionnelle et qui conditionne la nomination, et celle du médecin du travail, qui ouvre votre suivi de santé et ne décide de rien quant à votre recrutement.

Contre-visite et contrôle des arrêts : un dispositif resserré

C’est le champ où le médecin agréé intervient le plus souvent, et celui qui vient d’être remanié, par transposition à la fonction publique de mesures conçues pour le régime général.

L’administration peut faire procéder à tout moment à un examen de l’agent en congé de maladie par un médecin agréé, et doit le faire au moins une fois après six mois consécutifs de congé ; l’agent qui s’y soustrait s’expose à l’interruption de sa rémunération. Les conclusions peuvent ensuite être soumises au conseil médical, à l’initiative de l’administration comme de l’agent.

Trois évolutions récentes complètent ce dispositif. Les avis d’arrêt de travail sur papier doivent être établis sur un formulaire sécurisé, et la durée des prescriptions est plafonnée : trente et un jours pour la première, soixante-deux pour chaque prolongation, sauf dérogation médicalement justifiée. Un contrôle administratif s’ajoute à la contre-visite : l’employeur peut vérifier la présence de l’agent à son domicile lorsque l’arrêt est assorti d’une obligation de présence — un contrôle étranger au médecin agréé, mais de même conséquence, l’interruption de la rémunération. Enfin, un agent peut désormais suivre une formation ou un bilan de compétences pendant un congé pour raison de santé, sous réserve de l’avis favorable d’un médecin agréé : la seule mission où son avis ouvre un droit plutôt qu’il ne le contrôle.

Deux échéances restent structurantes. Au terme de douze mois de congés de maladie cumulés sur douze mois consécutifs, l’agent ne peut reprendre son service qu’avec l’avis favorable du conseil médical ; à défaut, il est mis en disponibilité, reclassé, ou admis à la retraite s’il est définitivement inapte à tout emploi. En congé pour invalidité temporaire imputable au service, l’administration doit faire procéder à un examen par un médecin agréé au moins une fois par an au-delà de six mois.

À compter du 1ᵉʳ janvier 2028, à l’État et dans la territoriale, toute interruption de travail dépassant trente jours pourra donner lieu à une procédure de préparation de la reprise du travail : le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, pourra solliciter le médecin du travail afin d’étudier les conditions de la reprise ou d’envisager des actions de formation, l’agent étant assisté d’une personne de son choix.

Repère professionnel Dans le décret de 1986 : l’article 25 porte la contre-visite et l’examen obligatoire après six mois consécutifs de congé de maladie ; l’article 27, la réintégration après douze mois de congés cumulés sur douze mois ; l’article 47-10, l’examen annuel au-delà de six mois de congé imputable au service. Deux distinctions à tenir. Celle qui sépare le contrôle médical, confié au médecin agréé et portant sur le bien-fondé de l’arrêt, du contrôle administratif de présence au domicile, qui relève de l’employeur et ne dit rien de l’état de santé : même sanction, ni le même objet ni le même auteur. Et celle qui sépare les délais de contrôle des seuils de droits : six mois déclenchent une obligation d’examen, douze mois conditionnent la reprise à un avis favorable du conseil médical — un service qui ne suit que le premier seuil découvre trop tard qu’il devait saisir l’instance.

Les autres interventions du médecin agréé

Au-delà du contrôle des arrêts, l’expertise médicale couvre l’évaluation du taux d’invalidité, l’aptitude à reprendre le travail et surtout l’imputabilité au service — la question de savoir si un accident ou une maladie est en lien avec l’exercice des fonctions, condition d’accès au régime plus favorable du congé imputable au service ou de la maladie professionnelle reconnue.

Il peut également être sollicité pour un temps partiel pour raison thérapeutique, une disponibilité pour raison de santé ou une retraite pour invalidité. La procédure du temps partiel thérapeutique a récemment évolué : l’administration dispose de trente jours au plus pour se prononcer — au plus tard le jour de la reprise lorsque la demande fait suite à un congé de longue maladie, de longue durée, imputable au service, ou à une disponibilité —, tout refus ou toute interruption doit être motivé, et l’autorisation, plafonnée à un an, n’est plus soumise à des renouvellements intermédiaires. L’agent peut être examiné par un médecin agréé dès réception de la demande ; une absence injustifiée vaut désistement.

Contester l’avis du médecin agréé

Le médecin agréé ne rend jamais le dernier mot. Ses conclusions peuvent être contestées, par l’agent comme par l’administration, devant le conseil médical en formation restreinte. Le texte énumère les avis discutables : contrôle des conditions de santé particulières, au recrutement comme en cours de carrière ; octroi ou renouvellement d’un congé pour raisons de santé, réintégration, temps partiel thérapeutique ; examens médicaux prévus par le décret, dont la contre-visite ; certaines dispositions du code des pensions.

La composition de cette instance, sa procédure, les droits de l’agent devant elle et la voie de recours devant le conseil médical supérieur font l’objet de notre article consacré au conseil médical dans la fonction publique, complémentaire de celui-ci.

Médecin agréé, médecin du travail, médecin-conseil

La confusion la plus fréquente consiste à assimiler le médecin agréé au médecin du travail. Les deux missions sont pourtant incompatibles par nature. Le médecin du travail a pour mission exclusive la prévention : il suit l’agent dans la durée, connaît son poste, et ne peut être sollicité pour se prononcer sur le bien-fondé d’un arrêt. Le médecin agréé rend un avis ponctuel, à la demande de l’administration, sans lien de continuité avec l’agent examiné ; il n’est pas non plus compétent pour l’aptitude des salariés de droit privé.

Dans le privé, ce contrôle revient au médecin-conseil de l’Assurance maladie pour le compte de la CPAM, ou au médecin contrôleur mandaté par l’employeur. Ces fonctions n’ont pas d’équivalent exact dans la fonction publique — c’est la contre-visite du médecin agréé qui en tient lieu, avec un cadre propre, même si les réformes récentes rapprochent les deux logiques.

Ce que ça change pour vous Trois points si vous êtes convoqué. Le secret médical : seules les conclusions administratives — apte, inapte, arrêt justifié ou non — sont transmises à votre employeur, jamais le détail médical qui les fonde ; un médecin agréé qui transmettrait un diagnostic sortirait de sa mission. Les frais : ses honoraires et les examens complémentaires qu’il prescrit sont à la charge de l’administration, jamais à la vôtre. La préparation, enfin : rien ne vous interdit d’apporter les pièces utiles — comptes rendus, certificats de vos praticiens, description précise de votre poste. Le médecin agréé statue sur pièces et sur examen, dans un temps court, souvent sans connaître votre travail réel ; ce que vous lui apportez pèse sur ce qu’il conclut. Et s’il se trouve être votre médecin traitant, dites-le : il doit se déporter.

Ce qu’il faut retenir

Le médecin agréé intervient toujours à la demande de l’administration et jamais dans une relation de soin. Son rôle à l’embauche est devenu l’exception, tandis que sa place dans le contrôle des arrêts vient d’être renforcée.

• La visite d’embauche auprès du médecin agréé n’est obligatoire que pour les fonctions listées par les statuts particuliers — surveillants pénitentiaires, branche surveillance des douanes notamment ; pour la police nationale et les sapeurs-pompiers, l’aptitude relève d’un service médical dédié.
• Le contrôle des arrêts a été resserré : certificat sécurisé, durées plafonnées, contrôle administratif de la présence au domicile, examen obligatoire après six mois de congé, télémédecine possible.
• Au-delà du contrôle, il intervient en expertise d’imputabilité au service, sur un temps partiel thérapeutique ou une invalidité, et pour autoriser une formation pendant un congé ; ses avis sont contestables devant le conseil médical.

Sources

• Code général de la fonction publique : art. L. 321-1, L. 321-3 et R. 321-1 à R. 321-3 (conditions de santé particulières) — Légifrance.
• Décret n° 86-442 du 14 mars 1986 relatif aux médecins agréés, aux conseils médicaux et au régime de congés de maladie des fonctionnaires : art. 1 à 4, 7, 25, 27 et 47-10, version consolidée en vigueur — Légifrance.
• Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires — Légifrance.
• Ordonnance n° 2020-1447 du 25 novembre 2020 (suppression de la condition générale d’aptitude physique à l’entrée dans la fonction publique).
• Décret n° 2023-1341 du 29 décembre 2023 portant statut particulier des corps du personnel de surveillance de l’administration pénitentiaire, art. 41 et 42, et arrêté du 5 février 2024 sur l’appréciation des conditions de santé particulières exigées de ces corps ; arrêté du 2 août 2010 relatif aux conditions d’aptitude physique particulières pour l’accès aux emplois de certains corps de fonctionnaires.
• Sapeurs-pompiers : décret n° 2025-330 et arrêté du 10 avril 2025. Police nationale : décret n° 2022-1465 du 24 novembre 2022 et arrêté du 25 novembre 2022.

Pour aller plus loin

• Arrêt de travail : comment fonctionne l’indemnisation selon son origine ?

Philippe Casanova est médecin du travail et médecin légiste. Il tient le blog Santé & Travail, consacré aux croisements entre médecine, droit, prévention et sciences humaines du travail.